Intranet Areál web

Translační metabolismus

Translační metabolismus Translační metabolismus: Překlenutí mezery mezi výzkumem a medicínou v metabolismu

Náš výzkum zahrnuje použití technik založených na hmotnostní spektrometrii k provádění metabolomické, lipidomické a proteomické analýzy různých biologických vzorků. Zabýváme se vývojem a aplikací metod kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC–MS) pro důkladnou charakterizaci a kvantifikaci komplexních lipidů (lipidom), polárních metabolitů (metabolom), různých exogenních sloučenin jako například složky potravin a léčiva (exposom) a proteinů (proteom). Zaměřujeme se také na zdokonalení zpracování dat, statistické metody a vizualizaci omics dat.

Úspěšně jsme integrovali metody LC–MS pro cílenou a necílenou analýzu lipidů, polárních metabolitů a sloučenin exposomu (LIMeX) pro různé typy vzorků a používáme je pro studie zaměřené na kardiovaskulární onemocnění, diabetes 2. typu, lipogenezi, cirkadiánní rytmy a adherenci k medikamentózní léčbě.

Zkoumáme také proteom lidských zubů a slin a jejich spojitost se zubním kazem. Dále se zabýváme analýzou proteomického složení patologických tkání u onemocnění clubfoot (pes equinovarus, noha kososvislá) a mechanismy remodelace stěny plicních artérií během rozvoje plicní hypertenze. Jsou studovány rovněž posttranslační modifikace proteinů probíhající při stárnutí i chorobách organismu.

PhD Program 2024/2025 - Témata

Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií pro komplexní charakterizaci metabolomu a lipidomu biologických vzorků

Během posledního desetiletí se metabolomika a lipidomika využívající hmotnostní spektrometrii staly klíčovými metodami pro analýzu polární metabolitů a komplexních lipidů v biologických vzorcích (plazma, sérum, moč, tkáně). Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice a lipidomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Stále však chybí dostatečné informace o složení metabolomu a lipidomu kapalných materiálů a tkání, které mohou být snadno dostupné a použitelné pro budoucí studie. Disertační práce bude zaměřena na vývoj nových postupů pro komplexní charakterizaci metabolomu a lipidomu biologických vzorků jakými jsou (i) slučování cílených a necílených metabolomických a lipidomických metod, (ii) zvýšení pokrytí spektrálních knihoven používaných pro anotování metabolitů, (iii) aplikace programů pro vizualizaci a interpretaci dat získaných v rámci metabolomických a lipidomických analýz. Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Školitel: T. Čajka (tomas.cajka@fgu.cas.cz)

 

Hlavní směry výzkumu

  • Jednoduché, rychlé a robustní metody pro projekty zaměřené na metabolomiku, lipidomiku a proteomiku
  • Zpracování, statistická analýza a vizualizace metabolomických dat
  • Nové separační metody (LC–MS) pro fyziologický výzkum
  • Metabolomika a proteomika pro objevování nových biomarkerů lidského zdraví
  • Analýza extracelulární hmoty: od proteinů po tkáňovou architekturu u idiopatického pes equinovarus (noha kososvislá)
  • Mechanismy remodelace stěny plicních artérií během rozvoje plicní hypertenze
  • Posttranslační modifikace proteinů v průběhu stárnutí i chorob (např. diabetes mellitus)

Aktuální projekty

Mechanismy plicní cévní dysfunkce u srdečního selhání (LUNG-HF) (NU22-02-00161)

  • Poskytovatel: Ministerstvo zdravotnictví
  • Spoluřešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Pacienti se srdečním selháním (HF) mají často plicní hypertenzi (PH), která vede k přechodu do biventrikulárního HF se špatnou prognózou. PH má dvě komponenty: 1) pasivní přenos zvýšeného tlaku zleva, 2) srdečním selháním navozenou plicní vaskulární dysfunkci (HF-PVD). Překvapivě ne všichni, ale jen někteří HF pacienti, rozvinou HF-PVD. Mechanismy HF-PVD nejsou dostatečně prozkoumány a jsou tedy v ohnisku zájmu této grantové aplikace. Rozvoj PVD se zdá být spojen se změnami metabolických faktorů plicní cirkulace. Necílená metabolomika je novým a robustním nástrojem k objevení patofyziologických cest rozvoje nemocí. Specificita tohoto postupu může být dále zvýšena použitím měření transorgánového gradientu metabolitů. Cílem části A je identifikace nových metabolitů spojených s přítomností HF-PVD, které můžou sloužit jako biomarkery nebo farmakologické cíle. Současně tento postup pomůže lépe pochopit podstatu HF-PVD. V části C pak bude posouzen efekt reverze těchto metabolických změn (identifikovaných v části A) na plicní cirkulaci u experimentálního modelu HF-PVD. Zlatým standardem detekce PVD je invazivní pravostranná katetrizace. HF-PVD je proto často diagnostikována pozdě. Existuje velký zájem o vývoj neinvazivních metod detekce HF-PVD, které by detekovaly PVD časně a bylo by je možné opakovat. Nedávné pokroky v automatizované kvantitativní analýze textury CT obrazu plic za pomoci umělé inteligence (AI) umožnují kvantifikaci obsahu vody, intersticiálních plicních změn i cévní složky, a to i bez použití kontrastu. Tento přístup, dosud netestovaný v HF populaci, může být přínosem k časné diagnostice HF-PVD (část B). Klinické a funkční charakteristiky plicní cirkulace (zátěžová hemodynamika, difusní kapacita, SPECT perfúze) budou analyzovány ve spojitosti s CT daty.

 

Identifikace faktorů ovlivňujících adherenci k farmakoterapii u pacientů s diabetem 2. typu s využitím necílené metabolomiky (NU20-01-00186)

  • Poskytovatel: Ministerstvo zdravotnictví
  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Adherence pacienta spolu s farmakokinetikou představují nejvýznamnější zdroj variability v odpovědi na léčbu. Monitorování adherence by tak mělo tvořit nedílnou součást péče o nemocné zejména s chronickými onemocněními jako je diabetes mellitus 2. typu (DM2T). Dalším problémem lékové adherence je, zda jsou dané léky pacientem užívány pravidelně. Důležitá může být i celá řada dalších látek (jiná léčiva, složky potravy, případně drogy a alkohol), která zůstane při běžné anamnéze často neodhalena, a přitom může zásadně ovlivnit metabolizaci a působení léků i compliance k jejich užívání. V současné době nejsou v ČR dostupná data, která by se danému fenoménu u populace DM2T věnovala. V rámci předkládaného projektu bude testována hypotéza, že adherence k medikamentózní léčbě u pacientů s DM2T může být účinně monitorována pomocí chemické analýzy vybraných léčiv v krevní plazmě a že necílená metabolomika může identifikovat biomarkery, které by nepravidelnosti v užívání léků dokázaly odhalit. Projekt tak může významně přispět k optimalizaci léčby DM2T a dalších chronických onemocnění.

 

Vytvoření 3D modelu clubfoot a Dupuytrenovy choroby a následné testování antifibrotických látek (NU22-10-00072)

  • Poskytovatel: Ministerstvo zdravotnictví
  • Řešitel: A. Eckhardt, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Tento projekt navazuje na předchozí projekty AZV (17-31564A). Idiopatický pes equinovarus (clubfoot) a Dupuytrenova choroba (Dch) jsou ortopedické deformity s nejasnou etiopatogenezí projevující se kontrakcí postižené tkáně. V předchozí studii jsme prokázali přítomnost fibrotických změn tkáně na mediální straně postižené nohy clubfoot a otestovali různé antifibrotické látky ve 2D buněčné kultuře. Cílem tohoto projektu je vytvořit 3D modely obou deformit založené na decelularizaci jejich fibrotických tkání a opětovném osazením takto získaných matric buňkami z postižené tkáně. Připravené 3D modely budou využity k testování antifibrotických látek minoxidil a beta-aminopropionitril, které cílí na inhibici kroslinkování kolagenu a mají potenciál rozvolnit kontrahovanou fibrotickou tkáň. Tyto látky budou aplikovány jak rozpuštěné v mediu tak postupně uvolňované z biokompatibilních a biodegradabilních nosičů. Efekt antifibrotických látek na buňky kultivované v těchto 3D modelech bude hodnocen prostřednictvím analýzy složení, morfologie a biomechanických parametrů nově vznikající extracelulární matrix, dále pak diferenciace, viability a dalších vlastností buněk. Součástí tohoto projektu bude také srovnávací proteomická, metabolomická a imunohistochemická analýza nativních postižených tkání obou fibroproliferativních chorob s cílem identifikovat jak specifické, tak společné markery probíhajících patologických procesů. Tyto 3D modely představují důležitý krok pro in vitro preklinické testování potenciálně léčebných látek pro clubfoot a Dch. Cílené antifibrózní působení na postiženou tkáň může usnadnit a zefektivněnit současnou neinvazívní léčbu relapsů clubfoot či se stát novou alternativou pro nechirurgické řešení léčby Dch.

 

Vodík-deuteriová výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS) k identifikaci neznámých metabolitů detekovaných necílenou metabolomikou (21-00477S)

  • Poskytovatel: Grantová agentura České republiky
  • Cíle projektu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Necílená metabolomika se zaměřuje na analýzu všech detekovatelných metabolitů ve vzorku. Metabolomika využívající kapalinovou chromatografii s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) generuje tisíce signálů (molecular features) v biologických vzorcích během jedné analýzy charakterizovaných retenčním časem a hodnotou m/z. Pouze 10 % těchto signálů je možno obvykle anotovat a zbývající detekované signály představují „neznámé“ sloučeniny. Jeden z nejnáročnějších aspektů metabolomiky tudíž představuje identifikace „neznámých“ metabolitů. Bude testována hypotéza, že vodík-deuteriová výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS) dramaticky zlepší identifikaci signálů z necílené metabolomiky, což povede k novým poznatkům nutných k interpretaci metabolomických dat. Za tímto účelem bude provedena optimalizace LC-HDX-MS platforem pro profilování polárních metabolitů a komplexních lipidů. Následně budou tyto platformy použity k identifikaci nových metabolitů ve slepém střevě, výkalech a plazmě myší po úpravě střevní mikrobioty pomocí diety, antibiotik a probiotik.

 

Mapování cirkadiánního metabolomu mozku a periferních tkáních potkana během embryonálního a postnatálního vývoje (20-21114S)

  • Poskytovatel: Grantová agentura České republiky
  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Cirkadiánní rytmus během embryonálního a postnatálního vývoje je již řadu let rozsáhle studován pomocí transkriptomiky. Bylo tak prokázáno postupné zrání cirkadiánní variace hodinových genů. Doposud se však žádné studie nezaměřily na studium cirkadiánní rytmicity během vývoje na komplexní úrovni metabolitů. Bude testována hypotéza, že cirkadiánní metabolom je do značné míry ovlivněn vývojovým stadiem a pomocí globálního metabolomického a lipidomického profilováním bude možné nahlédnout do dynamických vztahů metabolitů a zachytit metabolické změny tkání potkana. Provedeme 24hodinový metabolomický a lipidomický profil tří tkání a plazmy potkana v různých vývojových stadiích (embryonální E19, postnatální P2, P10, P20, P28). Pro stadia P20 a P28 bude tento přístup rozšířen o další typy tkání pro vytvoření komplexního atlasu cirkadiánního metabolismu. Dále bude vyvinut nový pracovní postup pro snížení falešných struktur během identifikace „neznámých“ metabolitů.

 

Metabolomika 2.0: Komplexní analytické metody a bioinformatické nástroje pro studium cirkadiánních rytmů (LTAUSA19124)

  • Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Cílem projektu je navázání spolupráce a intenzivní vědecké činnosti mezi odděleními Translačního metabolismu, Metabolomiky a Biologických rytmů (Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.) a West Coast Metabolomics Center (University of California, Davis). Projekt je zaměřen na vývoj komplexních analytických metod a bioinformatických nástrojů aplikovatelných při studiu cirkadiánních rytmů. Díky pokrokům v chromatografii a hmotnostní spektrometrii spolu s vývojem v oblasti výpočetní techniky je možné vyvinou vhodné nástroje metabolomiky druhé generace (Metabolomics 2.0) pro mapování cirkadiánního metabolomu. Výstupy projektu ve formě vědeckých publikací s detailními informacemi nutné pro efektivní transfer daných metod budou dostupné pro ostatní vědecká pracoviště zabývající se danou problematikou.

 

Národní institut pro výzkum metabolických a kardiovaskulárních onemocnění (LX22NPO5104)

  • Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Cíle projektu: Hlavním účelem projektu Exceles je ustavení a start-up fáze působnosti CarDia, coby nově vzniklé národní výzkumné platformy, která integruje stávající excelentní pracovníky a pokročilou výzkumnou infrastrukturu v oblasti biomedicínského výzkumu KVO, diabetu a obezity. Smyslem je rozvojem výzkumu v rámci národního institutu CarDia i) zajistit cílenější a bezpečnější terapeutické postupy ii) integrovat CarDia do EVP a iii) profilovat jeho strategickou roli v eliminaci společensky i ekonomicky nejzávažnějších onemocnění v české populaci a tím přispět k budování odolnosti ČR.

Aktuální projekty

Úspěchy

The Power List 2018 -- The Fab Forty

Doc. Tomáš Čajka byl zařazen mezi čtyřicet nejlepších vědců do čtyřiceti let v oboru analytické chemie. Žebříček čtyřiceti nejúspěšnějších vědců byl publikován v říjnovém čísle časopisu The Analytical Scientist. Více

Cena za nejlepší poster na konferenci

MUDr. Tomáši Novotnému byla na světové ortopedické konferenci 40th World Orthopaedic Congerss, Muscat, Oman (2019, pořadatel: SICOT) za poster „Histological comparison of clubfoot deformity and Dupuytren's disease fibroproliferation“ udělena cena „The Lester Lowe Award“. Více

Publikace

Witkowski; M. - Nemet; I. - Alamri; H. - Wilcox; J. - Gupta; N. - Nimer; N. - Haghikia; A. - Li; X. S. - Wu; Y. - Saha; P. P. - Demuth; I. - König; M. - Steinhagen-Thiessen; E. - Čajka; Tomáš - Fiehn; O. - Landmesser; U. - Tang; W.H.W. - Hazen; S.L. The artificial sweetener erythritol and cardiovascular event risk . Nature Medicine. 2023; 29(March); 710-718 . IF = 82.9 [ASEP] [ doi ]
Vondrášek; David - Hadraba; Daniel - Přibyl; J. - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Lopot; F. - Jelen; K. - Doubková; Martina - Knitlová; Jarmila - Novotný; T. - Janáček; Jiří . Microstructural Analysis of Collagenous Structures in Relapsed Clubfoot Tissue . Microscopy and Microanalysis. 2023; 29(1); 265-272 . IF = 2.8 [ASEP] [ doi ]
Rakušanová; Stanislava - Fiehn; O. - Čajka; Tomáš . Toward building mass spectrometry-based metabolomics and lipidomics atlases for biological and clinical research . TrAC-Trends in Analytical Chemistry. 2023; 158(January)); 116825 . IF = 13.1 [ASEP] [ doi ]
Rakušanová; Stanislava - Čajka; Tomáš . Current analytical methods to monitor type 2 diabetes medication in biological samples . TrAC-Trends in Analytical Chemistry. 2023; 158(January)); 116831 . IF = 13.1 [ASEP] [ doi ]
Nemet; I. - Funabashi; M. - Li; X. S. - Dwidar; M. - Sangwan; N. - Skye; S. M. - Romano; K. A. - Čajka; Tomáš - Needham; B. D. - Mazmanian; S. K. - Hajjar; A. M. - Rey; F. E. - Fiehn; O. - Tang; W.H.W. - Fischbach; M. A. - Hazen; S.L. Microbe-derived uremic solutes enhance thrombosis potential in the host . mBio. 2023; 14(6); e0133123 . IF = 6.4 [ASEP] [ doi ]
Morvan; Marine - Mikšík; I. The chiral proteomic analysis applied to aging collagens by LC-MS: Amino acid racemization; post-translational modifications; and sequence degradations during the aging process . Analytica Chimica Acta. 2023; 1262(29 June)); 341260 . IF = 6.2 [ASEP] [ doi ]
Mikšík; I. - Morvan; Marine - Brůžek; J. Peptide analysis of tooth enamel A sex estimation tool for archaeological; anthropological; or forensic research . Journal of Separation Science. 2023; 46(15); 2300183 . IF = 3.1 [ASEP] [ doi ]
Martínez-Ramírez; Felipe - Riečan; Martin - Čajka; Tomáš - Kuda; Ondřej . Analysis of fatty acid esters of hydroxy fatty acids in edible mushrooms . LWT-Food Science and Technology. 2023; 173(1 Jan)); 114311 . IF = 6.0 [ASEP] [ doi ]
Janovská; Petra - Zouhar; Petr - Bardová; Kristina - Otáhal; Jakub - Vrbacký; Marek - Mráček; Tomáš - Adamcová; Kateřina - Leňková; Lucie - Funda; Jiří - Čajka; Tomáš - Drahota; Zdeněk - Stanić; Sara - Rustan; A. C. - Horáková; Olga - Houštěk; Josef - Rossmeisl; Martin - Kopecký; Jan . Impairment of adrenergically-regulated thermogenesis in brown fat of obesity-resistant mice is compensated by non-shivering thermogenesis in skeletal muscle . Molecular Metabolism. 2023; 69(March)); 101683 . IF = 8.1 [ASEP] [ doi ]
Hricko; Jiří - Rudl Kulhavá; Lucie - Paučová; Michaela - Nováková; Michaela - Kuda; Ondřej - Fiehn; O. - Čajka; Tomáš . Short-Term Stability of Serum and Liver Extracts for Untargeted Metabolomics and Lipidomics . Antioxidants. 2023; 12(5)); 986 . IF = 7.0 [ASEP] [ doi ]
Horáková; Olga - Sistilli; Gabriella - Kalendová; Veronika - Bardová; Kristina - Mitrović; Marko - Čajka; Tomáš - Irodenko; Ilaria - Janovská; Petra - Lackner; K. - Kopecký; Jan - Rossmeisl; Martin . Thermoneutral housing promotes hepatic steatosis in standard diet-fed C57BL/6N mice; with a less pronounced effect on NAFLD progression upon high-fat feeding . Frontiers in Endocrinology. 2023; 14(Jul 12); 1205703 . IF = 5.2 [ASEP] [ doi ]
Harant; K. - Čajka; Tomáš - Angelisová; Pavla - Pokorná; Jana - Hořejší; Václav . Composition of raft-like cell membrane microdomains resistant to styrene-maleic acid copolymer (SMA) solubilization . Biophysical Chemistry. 2023; 296(MAY)); 106989 . IF = 3.8 [ASEP] [ doi ]
Flores-López; S. L. - Arenillas; A. - Mikšík; Ivan - Menéndez; J. A. - Montes-Morán; M. A. Reduced Graphene Oxide Aerogels Cartridges for Solid Phase Extraction of Benzotriazoles . Materials. 2023; 16(6)); 2519 . IF = 3.4 [ASEP] [ doi ]
Filová; Elena - Šupová; Monika - Eckhardt; Adam - Vrbacký; Marek - Blanquer; Andreu - Trávníčková; Martina - Knitlová; Jarmila - Suchý; Tomáš - Rýglová; Šárka - Braun; Martin - Burdíková; Z. - Schätz; M. - Jenčová; V. - Lisnenko; M. - Běhálek; L. - Procházková; R. - Sedláček; R. - Kubasová; K. - Bačáková; Lucie . Adipose-Derived Stem Cells in Reinforced Collagen Gel: A Comparison between Two Approaches to Differentiation towards Smooth Muscle Cells . International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(6)); 5692 . IF = 5.6 [ASEP] [ doi ]
Ferenčáková; Michaela - Beňová; Andrea - Raška Jr.; I. - Abaffy; Pavel - Šindelka; Radek - Džubanová; Martina - Pospíšilová; E. - Kolostová; K. - Čajka; Tomáš - Paclík; A. - Zikán; V. - Tencerová; Michaela . Human bone marrow stromal cells: the impact of anticoagulants on stem cell properties . Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2023; 11(18 Sep); 1255823 . IF = 5.5 [ASEP] [ doi ]
Čajka; Tomáš - Hricko; Jiří - Rudl Kulhavá; Lucie - Paučová; Michaela - Nováková; Michaela - Kuda; Ondřej . Optimization of Mobile Phase Modifiers for Fast LC-MS-Based Untargeted Metabolomics and Lipidomics . International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(3)); 1987 . IF = 5.6 [ASEP] [ doi ]
Čajka; Tomáš - Hricko; Jiří - Rudl Kulhavá; Lucie - Paučová; Michaela - Nováková; Michaela - Fiehn; O. - Kuda; Ondřej . Exploring the Impact of Organic Solvent Quality and Unusual Adduct Formation during LC-MS-Based Lipidomic Profiling . Metabolites. 2023; 13(9); 966 . IF = 4.1 [ASEP] [ doi ]
Berg; A. L. - Showalter; M. R. - Kosaisawe; N. - Hu; M. - Stephens; N. C. - Sa; M. - Heil; H. - Castro; N. - Chen; J. J. - VanderVorst; K. - Wheeler; M. R. - Rabow; Z. - Čajka; Tomáš - Albeck; J. - Fiehn; O. - Carraway III; K. L. Cellular transformation promotes the incorporation of docosahexaenoic acid into the endolysosome-specific lipid bis(monoacylglycerol)phosphate in breast cancer . Cancer letters. 2023; 557(31 March)); 216090 . IF = 9.7 [ASEP] [ doi ]
Beňová; Andrea - Ferenčáková; Michaela - Bardová; Kristina - Funda; Jiří - Procházka; Jan - Špoutil; František - Čajka; Tomáš - Džubanová; Martina - Balcaen; T. - Kerckhofs; G. - Willekens; W. - van Lenthe; G. H. - Charyyeva; Arzuv - Alquicer; Glenda - Pecinová; Alena - Mráček; Tomáš - Horáková; Olga - Coupeau; Roman - Hansen; M. S. - Rossmeisl; Martin - Kopecký; Jan - Tencerová; Michaela . Omega-3 PUFAs prevent bone impairment and bone marrow adiposity in mouse model of obesity . Communications Biology. 2023; 6(1); 1043 . IF = 5.9 [ASEP] [ doi ]
Ujčíková; Hana - Eckhardt; Adam - Hejnová; L. - Novotný; J. - Svoboda; Petr . Alterations in the Proteome and Phosphoproteome Profiles of Rat Hippocampus after Six Months of Morphine Withdrawal: Comparison with the Forebrain Cortex . Biomedicines. 2022; 10(1)); 80 . IF = 4.7 [ASEP] [ doi ]
Štemberková-Hubáčková; Soňa - Zobalová; Renata - Dubišová; Maria - Šmigová; J. - Dvořáková; Šárka - Kořínková; Klára - Ezrová; Zuzana - Endaya; Berwini - Blažková; Kristýna - Vlčák; Erik - Brisudová; Petra - Le; Dan-Diem Thi - Juhás; Štefan - Rosel; D. - Kelemen; Daniela Cristina - Sovilj; Dana - Vačurová; Eliška - Čajka; Tomáš - Filimonenko; Vlada - Dong; L. - Anděra; Ladislav - Hozák; Pavel - Brabek; J. - Bielcikova; Z. - Štursa; Jan - Werner; Lukáš - Neužil; Jiří . Simultaneous targeting of mitochondrial metabolism and immune checkpoints as a new strategy for renal cancer therapy . Clinical and Translational Medicine. 2022; 12(3)); e645 . IF = 10.6 [ASEP] [ doi ]
Svobodová; Jana - Mikšík; Ivan . Application of Sol-Gels Modified with Natural Plants Extracts as Stationary Phases in Open-Tubular Capillary Electrochromatography . Gels. 2022; 8(4)); 198 . IF = 4.6 [ASEP] [ doi ]
Sechovcová; Hana - Rudl Kulhavá; Lucie - Fliegerová; Kateřina - Killer; Jiří - Kopečný; Jan . Advantages of label free method in comparison with 2DE proteomic analysis of Butyrivibrio fibrisolvens 3071 grown on different carbon sources . Italian Journal of Animal Science. 2022; 21(1); 1508-1519 . IF = 2.5 [ASEP] [ doi ]
Pozzolini; M. - Mikšík; Ivan - Ghignone; S. - Oliveri; C. - Tassara; E. - Giovine; M. The Lysosome Origin of Biosilica Machinery in the Demospongiae Model Petrosia ficiformis (Poiret; 1789) . Frontiers in marine science. 2022; 9(Apr 13)); 850653 . IF = 3.7 [ASEP] [ doi ]
Palůchová; Veronika - Čajka; Tomáš - Durand; T. - Vigor; C. - Dodia; Ch. - Chatterjee; S. - Fisher; A. B. - Kuda; Ondřej . The role of peroxiredoxin 6 in biosynthesis of FAHFAs . Free Radical Biology and Medicine. Part 2; 193(Nov 20 (2022)) . IF = 7.4 [ASEP] [ doi ]
Novotný; T. - Eckhardt; Adam - Doubková; Martina - Knitlová; Jarmila - Vondrášek; David - Vanaskova; E. - Ošťádal; M. - Uhlík; J. - Bačáková; Lucie - Musílková; Jana . The possible role of hypoxia in the affected tissue of relapsed clubfoot . Scientific Reports. 2022; 12(1)); 4462 . IF = 4.6 [ASEP] [ doi ]
Ehrlich; H. - Luczak; M. - Ziganshin; R. - Mikšík; Ivan - Wysokowski; M. - Simon; P. - Baranowska-Bosiacka; I. - Kupnicka; P. - Ereskovsky; A. - Galli; R. - Dyshlovoy; S. - Fischer; J. - Tabachnick; K. R. - Petrenko; I. - Jesionowski; T. - Lubkowska; A. - Figlerowicz; M. - Ivanenko; V. N. - Summers; A. P. Arrested in Glass: Actin within Sophisticated Architectures of Biosilica in Sponges . Advanced Science. 2022; 9(11)); 2105059 . IF = 15.1 [ASEP] [ doi ]
Brejchová; Kristýna - Palůchová; Veronika - Březinová; Marie - Čajka; Tomáš - Balas; L. - Durand; T. - Křížová; M. - Straňák; Z. - Kuda; Ondřej . Triacylglycerols containing branched palmitic acid ester of hydroxystearic acid (PAHSA) are present in the breast milk and hydrolyzed by carboxyl ester lipase . Food Chemistry. 2022; 388(Sep 15)); 132983 . IF = 8.8 [ASEP] [ doi ]
Beňová; Andrea - Ferenčáková; Michaela - Bardová; Kristina - Funda; Jiří - Procházka; Jan - Špoutil; František - Čajka; Tomáš - Džubanová; Martina - Balcaen; T. - Kerckhofs; G. - Willekens; W. - van Lenthe; G. H. - Alquicer; Glenda - Pecinová; Alena - Mráček; Tomáš - Horáková; Olga - Rossmeisl; Martin - Kopecký; Jan - Tencerová; Michaela . Novel thiazolidinedione analog reduces a negative impact on bone and mesenchymal stem cell properties in obese mice compared to classical thiazolidinediones . Molecular Metabolism. 2022; 65(Nov)); 101598 . IF = 8.1 [ASEP] [ doi ]
Ujčíková; Hana - Hejnová; L. - Eckhardt; Adam - Roubalová; Lenka - Novotný; J. - Svoboda; Petr . Impact of three-month morphine withdrawal on rat brain cortex; hippocampus; striatum and cerebellum: proteomic and phosphoproteomic studies . Neurochemistry International. 2021; 144(Mar)); 104975 . IF = 4.297 [ASEP] [ doi ]
Sistilli; Gabriella - Kalendová; Veronika - Čajka; Tomáš - Irodenko; Ilaria - Bardová; Kristina - Oseeva; Marina - Žáček; P. - Kroupová; Petra - Horáková; Olga - Lackner; K. - Gastaldelli; A. - Kuda; Ondřej - Kopecký; Jan - Rossmeisl; Martin . Krill Oil Supplementation Reduces Exacerbated Hepatic Steatosis Induced by Thermoneutral Housing in Mice with Diet-Induced Obesity . Nutrients. 2021; 13(2)); 437 . IF = 6.706 [ASEP] [ doi ]
Novotný; T. - Eckhardt; Adam . Response to: "Quantity;" "Quality" and "Distribution Pattern" of Neo Vascular System: Is it the Time to Come Back to Aristotle Categories? . Journal of Pediatric Orthopaedics. 2021; 41(2); E199-E200 . IF = 2.537 [ASEP] [ doi ]
Morvan; Marine - Mikšík; Ivan . Recent Advances in Chiral Analysis of Proteins and Peptides . Separations. 2021; 8(8)); 112 . IF = 3.344 [ASEP] [ doi ]
Lopes; Magno Alves - Brejchová; Kristýna - Riečan; Martin - Nováková; Michaela - Rossmeisl; Martin - Čajka; Tomáš - Kuda; Ondřej . Metabolomics atlas of oral 13C-glucose tolerance test in mice . Cell Reports. 2021; 37(2)); 109833 . IF = 9.995 [ASEP] [ doi ]
Knitlová; Jarmila - Doubková; Martina - Plencner; Martin - Vondrášek; David - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Musílková; Jana - Bačáková; Lucie - Novotný; T. Minoxidil decreases collagen I deposition and tissue-like contraction in clubfoot-derived cells: a way to improve conservative treatment of relapsed clubfoot? . Connective Tissue Research. 2021; 62(5); 554-569 . IF = 3.342 [ASEP] [ doi ]
Knitlová; Jarmila - Doubková; Martina - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Musílková; Jana - Bačáková; Lucie - Novotný; T. Increased Collagen Crosslinking in Stiff Clubfoot Tissue: Implications for the Improvement of Therapeutic Strategies . International Journal of Molecular Sciences. 2021; 22(21)); 11903 . IF = 6.208 [ASEP] [ doi ]
Filová; Elena - Steinerová; Marie - Trávníčková; Martina - Knitlová; Jarmila - Musílková; Jana - Eckhardt; Adam - Hadraba; Daniel - Matějka; Roman - Pražák; Šimon - Štěpanovská; Jana - Kučerová; Johanka - Riedel; Tomáš - Brynda; Eduard - Lodererová; A. - Honsová; E. - Pirk; J. - Koňařík; M. - Bačáková; Lucie . Accelerated in vitro recellularization of decellularized porcine pericardium for cardiovascular grafts . Biomedical Materials. 2021; 16(2)); 025024 . IF = 4.103 [ASEP] [ doi ]
Brejchová; Kristýna - Radner; F. P. W. - Balas; L. - Palůchová; Veronika - Čajka; Tomáš - Chodounská; Hana - Kudová; Eva - Schratter; M. - Schreiber; R. - Durand; T. - Zechner; R. - Kuda; Ondřej . Distinct roles of adipose triglyceride lipase and hormone-sensitive lipase in the catabolism of triacylglycerol estolides . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2021; 118(2)); e2020999118 . IF = 12.779 [ASEP] [ doi ]
Vošahlíková; Miroslava - Roubalová; Lenka - Cechová; Kristína - Kaufman; Jonáš - Musil; Stanislav - Mikšík; Ivan - Alda; M. - Svoboda; Petr . Na+/K+-ATPase and lipid peroxidation in forebrain cortex and hippocampus of sleep-deprived rats treated with therapeutic lithium concentration for different periods of time . Progress in Neuro-Psychopharmacology & Biological Psychiatry. 2020; 102(Aug 30)); 109953 . IF = 5.067 [ASEP] [ doi ]
Vajrychová; M. - Stráník; J. - Pimková; K. - Barman; M. - Kukla; R. - Zedníková; Petra - Bolehovská; R. - Plíšková; L. - Hornychová; H. - Andrýs; C. - Tambor; V. - Lenčo; J. - Jacobsson; B. - Kacerovský; M. Comprehensive proteomic investigation of infectious and inflammatory changes in late preterm prelabour rupture of membranes . Scientific Reports. 2020; 10(1)); 17696 . IF = 4.379 [ASEP] [ doi ]
Ujčíková; Hana - Cechová; Kristína - Jágr; Michal - Roubalová; Lenka - Vošahlíková; Miroslava - Svoboda; Petr . Proteomic analysis of protein composition of rat hippocampus exposed to morphine for 10 days; comparison with animals after 20 days of morphine withdrawal . PLoS ONE. 2020; 15(4)); e0231721 . IF = 3.240 [ASEP] [ doi ]
Tsugawa; H. - Ikeda; K. - Takahashi; M. - Satoh; A. - Mori; Y. - Uchino; H. - Okahashi; N. - Yamada; Y. - Tada; I. - Bonini; P. - Higashi; Y. - Okazaki; Y. - Zhou; Z. - Zhu; Z.-J. - Koelmel; J. - Čajka; Tomáš - Fiehn; O. - Saito; K. - Arita; Mas. - Arita; Mak. A lipidome atlas in MS-DIAL 4 . Nature Biotechnology. 2020; 38(10); 1159-1163 . IF = 54.908 [ASEP] [ doi ]
Svobodová; Jana - Mikšík; Ivan . Open-tubular capillary electrochromatographic application of a sol-gel matrix with chilli peppers; garlic; or synthetic additives . Journal of Separation Science. 2020; 43(18); 3691-3701 . IF = 3.645 [ASEP] [ doi ]
Palůchová; Veronika - Vik; A. - Čajka; Tomáš - Březinová; Marie - Brejchová; Kristýna - Bugajev; Viktor - Dráberová; Lubica - Dráber; Peter - Burešová; Jana - Kroupová; Petra - Bardová; Kristina - Rossmeisl; Martin - Kopecký; Jan - Hansen; T. V. - Kuda; Ondřej . Triacylglycerol-Rich Oils of Marine Origin are Optimal Nutrients for Induction of Polyunsaturated Docosahexaenoic Acid Ester of Hydroxy Linoleic Acid (13-DHAHLA) with Anti-Inflammatory Properties in Mice . Molecular Nutrition & Food Research. 2020; 64(11)); 1901238 . IF = 5.914 [ASEP] [ doi ]
Palůchová; Veronika - Oseeva; Marina - Březinová; Marie - Čajka; Tomáš - Bardová; Kristina - Adamcová; Kateřina - Žáček; Petr - Brejchová; Kristýna - Balas; L. - Chodounská; Hana - Kudová; Eva - Schreiber; R. - Zechner; R. - Durand; T. - Rossmeisl; Martin - Abumrad; N. A. - Kopecký; Jan - Kuda; Ondřej . Lipokine 5-PAHSA is Regulated by Adipose Triglyceride Lipase and Primes Adipocytes for de novo Lipogenesis in Mice . Diabetes. 2020; 69(3); 300-312 . IF = 9.461 [ASEP] [ doi ]
Novotný; Tomáš - Eckhardt; Adam - Knitlová; Jarmila - Doubková; Martina - Ošťádal; M. - Uhlík; J. - Musílková; Jana . Increased Microvessel and Arteriole Density in the Contracted Side of the Relapsed Clubfoot . Journal of Pediatric Orthopaedics. 2020; 40(10); 592-596 . IF = 2.324 [ASEP] [ doi ]
Nemet; I. - Saha; P. P. - Gupta; N. - Zhu; W. - Romano; K. A. - Skye; S. M. - Čajka; Tomáš - Mohan; M. L. - Li; L. - Wu; Y. - Funabashi; M. - Ramer-Tait; A. E. - Prasad; S. V. N. - Fiehn; O. - Rey; F. E. - Tang; W.H.W. - Fischbach; M. A. - DiDonato; J. A. - Hazen; S.L. A Cardiovascular Disease-Linked Gut Microbial Metabolite Acts via Adrenergic Receptors . Cell. 2020; 180(5); 862-877 . IF = 41.582 [ASEP] [ doi ]
Mikšík; Ivan - Kubinová; Šárka - Morvan; Marine - Výborný; Karel - Tatar; A. - Král; V. - Záruba; K. - Sýkora; D. Analysis of Chondroitin/Dermatan Sulphate Disaccharides Using High-Performance Liquid Chromatography . Separations. 2020; 7(3)); 49 . IF = 2.777 [ASEP] [ doi ]
Kulhavá; Lucie - Eckhardt; Adam - Pataridis; Statis - Foltán; R. - Mikšík; Ivan . Proteomic Analysis of Whole Saliva in Relation to Dental Caries Resistance . Folia Biologica. 2020; 66(2); 72-80 . IF = 0.906 [ASEP]
Janovská; Petra - Melenovský; V. - Svobodová; Michaela - Havlenová; T. - Kratochvílová; H. - Haluzík; M. - Hošková; E. - Pelikánová; T. - Kautzner; J. - Monzo; L. - Jurcová; I. - Adamcová; Kateřina - Leňková; Lucie - Burešová; Jana - Rossmeisl; Martin - Kuda; Ondřej - Čajka; Tomáš - Kopecký; Jan . Dysregulation of epicardial adipose tissue in cachexia due to heart failure: the role of natriuretic peptides and cardiolipin . Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle. 2020; 11(6); 1614-1627 . IF = 12.910 [ASEP] [ doi ]
Filová; Elena - Staňková; Ľubica - Eckhardt; Adam - Svobodová; Jana - Musílková; Jana - Pala; J. - Hadraba; Daniel - Brynda; Eduard - Koňařík; M. - Pirk; J. - Bačáková; Lucie . Modification of Human Pericardium by Chemical Crosslinking . Physiological Research. 2020; 69(1); 49-59 . IF = 1.881 [ASEP] [ doi ]
Březinová; Marie - Čajka; Tomáš - Oseeva; Marina - Štěpán; M. - Daďová; K. - Rossmeislová; L. - Matouš; M. - Šiklová; M. - Rossmeisl; Martin - Kuda; Ondřej . Exercise training induces insulin-sensitizing PAHSAs in adipose tissue of elderly women . Biochimica Et Biophysica Acta-Molecular and Cell Biology of Lipids. 2020; 1865(2)); 158576 . IF = 4.698 [ASEP] [ doi ]
Bardová; Kristina - Funda; Jiří - Pohl; Radek - Čajka; Tomáš - Hensler; Michal - Kuda; Ondřej - Janovská; Petra - Adamcová; Kateřina - Irodenko; Ilaria - Leňková; Lucie - Zouhar; Petr - Horáková; Olga - Flachs; Pavel - Rossmeisl; Martin - Colca; J. - Kopecký; Jan . Additive Effects of Omega-3 Fatty Acids and Thiazolidinediones in Mice Fed a High-Fat Diet: Triacylglycerol/Fatty Acid Cycling in Adipose Tissue . Nutrients. 2020; 12(12)); 3737 . IF = 5.717 [ASEP] [ doi ]
Žaloudíková; M. - Eckhardt; Adam - Vytášek; R. - Uhlík; J. - Novotný; T. - Bačáková; Lucie - Musílková; Jana - Hampl; V. Decreased collagen VI in the tunica media of pulmonary vessels during exposure to hypoxia: a novel step in pulmonary arterial remodeling . Pulmonary Circulation. 2019; 9(3)); 2045894019860747 . IF = 2.205 [ASEP] [ doi ]
Tsugawa; H. - Satoh; A. - Uchino; H. - Čajka; Tomáš - Arita; Mak. - Arita; Mas. Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics . Metabolites. 2019; 9(6)); 119 . IF = 4.097 [ASEP] [ doi ]
Sechovcová; Hana - Kulhavá; Lucie - Fliegerová; Kateřina - Trundová; Mária - Morais; Daniel - Mrázek; Jakub - Kopečný; Jan . Comparison of enzymatic activities and proteomic profiles of Butyrivibrio fibrisolvens grown on different carbon sources . Proteome Science. 2019; 17(JUN 1)); 2 . IF = 2.811 [ASEP] [ doi ]
Pataridis, Statis - Romanov, O. - Mikšík, Ivan . Identification of short-chain poly-3-hydroxybutyrates in Saiga horn extracts using LC-MS/MS . Journal of Separation Science 2019, 42(4), 797-808 . IF = 2.878 [ASEP] [ doi ]
Mikšík, Ivan . Coupling of CE-MS for protein and peptide analysis . Journal of Separation Science 2019, 42(1), 385-397 . IF = 2.878 [ASEP] [ doi ]
Jágr, Michal - Ergang, Peter - Pataridis, Statis - Kolrosová, M. - Bartoš, M. - Mikšík, Ivan . Proteomic analysis of dentin-enamel junction and adjacent protein-containing enamel matrix layer of healthy human molar teeth . European Journal of Oral Sciences 2019, 127(2), 112-121 . IF = 2.220 [ASEP] [ doi ]
Gvoždíková Javůrková; V. - Pokorná; M. - Mikšík; Ivan - Tůmová; E. Concentration of egg white antimicrobial and immunomodulatory proteins is related to eggshell pigmentation across traditional chicken breeds . Poultry Science. 2019; 98(12); 6931-6941 . IF = 2.659 [ASEP] [ doi ]
Fan, S. - Kind, T. - Čajka, Tomáš - Hazen, S.L. - Tang, W.H.W. - Kaddurah-Daouk, R. - Irvin, M. R. - Arnett, D. K. - Barupal, D. K. - Fiehn, O. Systematic Error Removal Using Random Forest for Normalizing Large-Scale Untargeted Lipidomics Data . Analytical Chemistry 2019, 91(5), 3590-3596 . IF = 6.785 [ASEP] [ doi ]
Eckhardt, Adam - Novotný, T. - Doubková, Martina - Hronková, Lucia - Vajner, L. - Pataridis, Statis - Hadraba, Daniel - Kulhavá, Lucie - Plencner, Martin - Knitlová, Jarmila - Lišková, Jana - Uhlík, J. - Žaloudíková, M. - Vondrášek, David - Mikšík, Ivan - Ošťádal, M. Novel contribution to clubfoot pathogenesis: The possible role of extracellular matrix proteins . Journal of Orthopaedic Research 2019, 37(3), 769-778 . IF = 2.728 [ASEP] [ doi ]
Čepková Hlásná, P. - Jágr, Michal - Viehmannová, I. - Dvořáček, V. - Huansi, D. C. - Mikšík, Ivan . Diversity in Seed Storage Protein Profile of Oilseed Crop Plukenetia volubilis from Peruvian Amazon . International Journal of Agriculture and Biology 2019, 21(3), 679-688 . IF = 0.822 [ASEP]
Čajka; Tomáš . Towards Merging Targeted and Untargeted Analysis of the Lipidome; Metabolome; and Exposome . LC GC Europe. 2019; 32(6); 314-316 . IF = 1.482 [ASEP]
Angelisová, Pavla - Ballek, Ondřej - Sýkora, Jan - Benada, Oldřich - Čajka, Tomáš - Pokorná, Jana - Pinkas, Dominik - Hořejší, Václav . The use of styrene-maleic acid copolymer (SMA) for studies on T cell membrane rafts . Biochimica Et Biophysica Acta-Biomembranes 2019, 1861(1), 130-141 . IF = 3.411 [ASEP] [ doi ]
Peševski, Živorad - Kvasilová, A. - Stopková, T. - Naňka, O. - Drobná Krejčí, Eliška - Buffinton, Ch. - Kočková, Radka - Eckhardt, Adam - Sedmera, David . Endocardial Fibroelastosis is Secondary to Hemodynamic Alterations in the Chick Embryonic Model of Hypoplastic Left Heart Syndrome . Developmental Dynamics 2018, roč. 247, 3, p. 509-520 . IF = 2.852 [ASEP] [ doi ]
Mikšík, Ivan - Pataridis, Statis - Eckhardt, Adam - Sedmera, David . Analysis of Siamese Crocodile (Crocodylus siamensis) Eggshell Proteome . Protein Journal 2018, roč. 37, 1, p. 21-37 . IF = 1.029 [ASEP]
Marschner, Karel - Musil, Stanislav - Mikšík, Ivan - Dědina, Jiří . Investigation of hydride generation from arsenosugars - Is it feasible for speciation analysis? . Analytica Chimica Acta 2018, roč. 1008, MAY, p. 8-17 . IF = 5.256 [ASEP] [ doi ]
Kulhavá, Lucie - Eckhardt, Adam - Pataridis, Statis - Bartoš, M. - Foltán, R. - Mikšík, Ivan . Differences of Saliva Composition in Relation to Tooth Decay and Gender . Folia Biologica 2018, 64(5-6), 195-203 . IF = 1.073 [ASEP]
Kohutiar, Matej - Eckhardt, Adam - Mikšík, Ivan - Šantorová, J. - Wilhelm, Jiří . Proteomic analysis of peroxynitrite-induced protein nitration in isolated beef heart mitochondria . Physiological Research 2018, roč. 67, 2, p. 239-250 . IF = 1.701 [ASEP]
Ergang, Peter - Mikulecká, Anna - Vodička, Martin - Vagnerová, Karla - Mikšík, Ivan - Pácha, Jiří . Social defeat stimulates local glucocorticoid regeneration in lymphoid organs . Endocrine Connections 2018, 7(12), 1389-1396 . IF = 2.474 [ASEP] [ doi ]
Eckhardt, Adam - Kulhavá, Lucie - Mikšík, Ivan - Pataridis, Statis - Hlaváčková, Markéta - Vašinová, Jana - Kolář, František - Sedmera, David - Ošťádal, Bohuslav . Proteomic analysis of cardiac ventricles: baso-apical differences . Molecular and Cellular Biochemistry 2018, roč. 445, 1-2, p. 211-219 . IF = 2.884 [ASEP] [ doi ]
Svobodová, Jana - Kofroňová, Olga - Benada, Oldřich - Král, V. - Mikšík, Ivan . Separation of oligopeptides, nucleobases, nucleosides and nucleotides using capillary electrophoresis/electrochromatography with sol–gel modified inner capillary wall . Journal of Chromatography A. 2017, roč. 1517, p. 185-194 . IF = 3.716 [ASEP] [ doi ]
Ošťádal, M. - Lišková, Jana - Hadraba, Daniel - Eckhardt, Adam . Possible Pathogenetic Mechanisms and New Therapeutic Approaches of Pes Equinovarus . Physiological Research. 2017, roč. 66, 3, p. 403-410 . IF = 1.324 [ASEP]
Mikšík, Ivan . Capillary electrochromatography of proteins and peptides (2006–2015) . Journal of Separation Science. 2017, roč. 40, 1, p. 251-271 . IF = 2.415 [ASEP] [ doi ]
Mikšík, Ivan - Sedláková, Pavla - Pataridis, Statis - Bortolotti, F. - Gottardo, R. Proteins and their modifications in a medieval mummy . Protein Science. 2016, roč. 25, 11, p. 2037-2044 . IF = 2.523 [ASEP] [ doi ]
Jágr, Michal - Eckhardt, Adam - Pataridis, Statis - Foltán, R. - Myšák, J. - Mikšík, Ivan . Proteomic analysis of human tooth pulp proteomes – Comparison of caries-resistant and caries-susceptible . Journal of Proteomics. 2016, roč. 145, Aug 11, p. 127-136 . IF = 3.914 [ASEP] [ doi ]
Duval, C. - Cassey, P. - Lovell, P.G. - Mikšík, Ivan - Reynolds, S.J. - Spencer, K.A. Maternal influence on eggshell maculation: implications for cryptic camouflaged eggs . Journal of Ornithology. 2016, roč. 157, 1, p. 303-310 . IF = 1.468 [ASEP] [ doi ]
Ošťádal, M. - Eckhardt, Adam - Herget, J. - Mikšík, Ivan - Dungl, P. - Chomiak, J. - Frydrychová, M. - Burian, M. Proteomic analysis of the extracellular matrix in idiopathic pes equinovarus . Molecular and Cellular Biochemistry. 2015, Vol. 401, 1-2, p. 133-139 . IF = 2.613 [ASEP] [ doi ]
Maurer, G. - Portugal, S. J. - Hauber, M. E. - Mikšík, Ivan - Russell, D. G. D. - Cassey, P. First light for avian embryos: eggshell thickness and pigmentation mediate variation in development and UV exposure in wild bird eggs . Functional Ecology. 2015, Vol. 29, 2, p. 209-218 . IF = 5.21 [ASEP] [ doi ]
Ujčíková, Hana - Eckhardt, Adam - Kagan, Dmytro - Roubalová, Lenka - Svoboda, Petr . Proteomic analysis of post-nuclear supernatant fraction and percoll-purified membranes prepared from brain cortex of rats exposed to increasing doses of morphine . Proteome Science 2014, roč. 12, feb 14, p. 11. ISSN 1477-5956. IF = 1.725 [ASEP] [ doi ]
Mikšík, Ivan - Sedláková, Pavla - Pataridis, Statis - Bortolotti, F. - Gottardo, R. - Tagliaro, F. Prince Cangrande’s Collagen: Study of Protein Modification on the Mummy of the Lord of Verona, Italy (1291–1329 AD) . Chromatographia 2014, roč. 77, 21-22, p. 1503-1510. ISSN 0009-5893. IF = 1.411 [ASEP] [ doi ]
Mikšík, Ivan - Ergang, Peter - Pácha, Jiří . Proteomic analysis of chicken eggshell cuticle membrane layer . Analytical and Bioanalytical Chemistry 2014, roč. 406, 29, p. 7633-7640. ISSN 1618-2642. IF = 3.436 [ASEP] [ doi ]
Jágr, Michal - Eckhardt, Adam - Pataridis, Statis - Broukal, Z. - Dušková, J. - Mikšík, Ivan . Proteomics of human teeth and saliva . Physiological Research 2014, roč. 63, suppl.1, s141-s154. ISSN 0862-8408. IF = 1.293 [ASEP]
Houštěk, Josef - Vrbacký, Marek - Hejzlarová, Kateřina - Zídek, Václav - Landa, Vladimír - Šilhavý, Jan - Šimáková, Miroslava - Mlejnek, Petr - Kazdová, L. - Mikšík, Ivan - Neckář, Jan - Papoušek, František - Kolář, František - Kurtz, T. W. - Pravenec, Michal . Effects of mtDNA in SHR-mtF344 versus SHR conplastic strains on reduced OXPHOS enzyme levels, insulin resistance, cardiac hypertrophy, and systolic dysfunction . Physiological Genomics 2014, roč. 46, 18, p. 671-678. ISSN 1094-8341. IF = 2.374 [ASEP] [ doi ]
Hlaváček, Jan - Vítovcová, M. - Sázelová, Petra - Pícha, Jan - Vaněk, Václav - Buděšínský, Miloš - Jiráček, Jiří - Gillner, D. M. - Holz, R. C. - Mikšík, Ivan - Kašička, Václav . Mono-N-acyl-2,6-diaminopimelic acid derivatives: Analysis by electromigration and spectroscopic methods and examination of enzyme inhibitory activity . Analytical Biochemistry 2014, roč. 467, dec 15, p. 4-13. ISSN 0003-2697. IF = 2.219 [ASEP] [ doi ]
Fargallo, J. A. - López-Rull, I. - Mikšík, Ivan - Eckhardt, Adam - Peralta-Sánchez, J. M. Eggshell pigmentation has no evident effects on offspring viability in common kestrels . Evolutionary Ecology 2014, roč. 28, 4, p. 627-637. ISSN 0269-7653. IF = 2.517 [ASEP] [ doi ]
Eckhardt, Adam - Jágr, Michal - Pataridis, Statis - Mikšík, Ivan . Proteomic Analysis of Human Tooth Pulp: Proteomics of Human Tooth . Journal of Endodontics. 2014, roč. 40, 12, p. 1961-1966. ISSN 0099-2399 . IF = 3.375 [ASEP] [ doi ]
Duval, C. - Zimmer, C. - Mikšík, Ivan - Cassey, P. - Spencer, K.A. Early life stress shapes female reproductive strategy through eggshell pigmentation in Japanese quail . General and Comparative Endocrinology 2014, roč. 208, -, p. 146-153. ISSN 0016-6480. IF = 2.47 [ASEP] [ doi ]
Brulez, K. - Cassey, P. - Meeson, A. - Mikšík, Ivan - Webber, S.L. - Gosler, A.G. - Reynolds, S.J. Eggshell spot scoring methods cannot be used as a reliable proxy to determine pigment quantity . Journal of avian biology 2014, roč. 45, 1, p. 94-102. ISSN 0908-8857. IF = 1.971 [ASEP] [ doi ]
Pataridis, Statis - Šťastná, Zdeňka - Sedláková, Pavla - Mikšík, Ivan . Monotopic modifications derived from in vitro glycation of albumin with ribose . Electrophoresis, 2013, Vol. 34, 12, p. 1757-1763 . IF = 3.261 [ASEP] [ doi ]
Duval, C. - Cassey, P. - Lovell, P.G. - Mikšík, Ivan - Reynolds, S.J. - Spencer, K.A. Eggshell Appearance Does Not Signal Maternal Corticosterone Exposure in Japanese Quail: An Experimental Study with Brown-Spotted Eggs . PLoS ONE, 2013, Vol. 8, 12, e80485 . IF = 3.730 [ASEP] [ doi ]
Duval, C. - Cassey, P. - Mikšík, Ivan - Reynolds, S.J. - Spencer, K.A. Condition-dependent strategies of eggshell pigmentation: an experimental study of Japanese quail (Coturnix coturnix japonica) . Journal of Experimental Biology, 2013, Vol. 216, 4, p. 700-708 . IF = 3.236 [ASEP] [ doi ]
Brabcová, Jana - Kindl, Jiří - Valterová, Irena - Pichová, Iva - Zarevúcka, Marie - Brabcová, J. - Jágr, Michal - Mikšík, Ivan . Serine protease from midgut of Bombus terrestris males . Archives of Insect Biochemistry and Physiology, 2013, Vol. 82, 3, p. 117-128 . IF = 1.515 [ASEP] [ doi ]
Brabcová, Jana - Demianova, Zuzana - Vondrášek, Jiří - Jágr, Michal - Zarevúcka, Marie - Palomo, J. M. Highly selective purification of three lipases from Geotrichum candidum 4013 and their characterization and biotechnological applications . Journal of Molecular Catalysis B-Enzymatic, 2013, Vol. 98, Dec 30, p. 62-72 . IF = 2.823 [ASEP] [ doi ]

Fotogalerie oddělení

Celá fotogalerie

Lidé

doc. Ing. Tomáš Čajka, Ph.D.

vedoucí oddělení

Mgr. Adam Eckhardt, Ph.D.

zástupce vedoucího oddělení

Mgr. Lucie Rudl Kulhavá, Ph.D.

postdoktorand

MUDr. Tomáš Novotný, Ph.D.

vědecký pracovník

Ing. Stanislava Rakušanová

postgraduální student

Mgr. Armenuhi Kirakosjanová

technický pracovník